2007年12月、検索サイト大手のGoogleは仕様を大きく変更し、これまで独立したドメインとして扱っていたサブドメインを同じドメインのディレクトリとして扱うようになりました。
どういうことかというと、これまでabc.sample.comとxyz.sample.comは別々の独立ドメインとして扱ってきたが、仕様変更後はどちらもsample.comのディレクトリとして扱うようになったということです。
下の図を見てください。これはGoogleで"国会議員"というキーワードで検索した結果です。

注目してほしいのは赤枠の部分、画像が小さくて読みづらいのですが「ja.wikipedia.orgからの検索結果」と表示されています。
インターネット上でみんなで作る百科事典「Wikipedia」には"国会議員"というキーワードを含むページは相当あるはずですが、検索結果に表示されているのはたった2ページだけ。あとは「ja.wikipedia.orgからの検索結果」というリンクの下に隠れちゃっています。
ここで書いた例は同一サブドメイン内の話ですが、今後はこれと同じようなことが異なるサブドメイン間でも起こってくるというのが今回のGoogleの仕様変更です(厳密にはサブドメインが異なる場合は3つめのページは絶対表示されなくなるのではなく、表示させるのが極めて困難になるとのことです)。
これまでLivedoor ブログProやSeesaブログ、FC2ブログなどは「サブドメイン形式」なので、利用者ごとのサイトはそれぞれ別ドメインとして認識され、それなりにSEO対策を行っていれば検索結果に表示される機会が多かったのですが、これからは相当難しくなると思います。
それに対して独自ドメインで運用した場合、そのドメインを使っているのはあなただけですから、それなりのサイトを作れば最低2ページはあなたが作ったページが検索結果に表示される。だから独自ドメインなんです。
わずか数千円の投資で検索結果に表示される機会が増えるとしたら、決して高い買い物ではないと思うのですが。。。。